Análisis in silico de miRNAs en cáncer cérvico-uterino

Resumen

Resumen

Los microRNAs (miRNAs) son de RNAs pequeños no codificantes de aproximadamente 22 nucleótidos de longitud con funciones reguladoras post-transcripcionales. La desregulación de miRNAs ha sido implicada en una amplia gama de enfermedades complejas como múltiples tipos de cáncer mediante la regulación de diversos procesos celulares. El objetivo de este trabajo fue evaluar in silico los genes blancos y procesos celulares regulados por miRNAs diferencialmente expresados a partir del análisis de microarreglos con muestras sin alteración y con cáncer cérvico-uterino (CaCu). Se utilizaron dos programas red gratuitos “mirnet”, el cual tiene una colección completa de anotaciones funcionales basadas en la integración de 11 bases de datos de miRNAs y sus interacciones a diferentes niveles y enfermedades. También se utilizó la herramienta GEO2R para llevar a cabo el análisis de expresión diferencial a partir del microarreglo con número de identificación GSE112743. Se obtuvieron 12 miRNAs con expresión reducida (hsa-miR-4653-3p, hsa-miR-4497, hsa-miR-4430, hsa-miR-4695-5p, hsa-miR-1973, hsa-miR-4485, hsa-miR-494, hsa-miR-1233-1-5p, hsa-miR-4656, hsa-miR-3648, hsa-miR-663a, hsa-miR-181b-5p) que regulan 3437 genes y 19 sobre expresados (hsa-miR-30e-5p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-1285-3p, hsa-miR-185-5p, hsa-miR-15a-5p, hsa-miR-429, hsa-miR-29a-3p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-193b-3p, hsa-miR-26b-5p, hsa-miR-29b-3p, hsa-miR-210, hsa-miR-148a-3p, hsa-miR-1260a, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-1260b, hsa-miR-203a, hsa-miR-223-3p, hsa-miR-451a) que regulan 3913 genes. Después se evaluaron las vías y procesos celulares regulados por miRNAs. Las herramientas bioinformáticas han experimentado un gran avance en los últimos años en diferentes disciplinas. Se ha trabajado en el objetivo de integrar diferentes recursos encontrados en las bases de datos para comprender mejor sus mecanismos reguladores. En la presente evaluación, se encontraron en total 7,350 genes relacionados con las vías relacionadas a cáncer y p53, ciclo celular, regulación de citoesqueleto, apoptosis adhesión focal, procesamiento de proteínas, entre otras, lo que sugiere que los miRNAs participan en la biogénesis de cáncer cérvico-uterino.

Abstract

The microRNAS (miRNAs) are small no codifing RNAs from approximately 22 nucleotides length that regulated functions at post- transcriptional levels. The deregulation of miRNAs has involved a wide spectrum of complex diseases such as multiple types of cancer since they regulate a diversity of cellular processes. The objective of this work was to evaluate in silico the target genes and cellular processes regulated by miRNAs differentially expressed from microarray analysis with normal samples and with cervical cancer (CaCu). Two free red programs “mirnet “were used, one of those has a complete collection of functional notes based on the integration of 11 data bases about miRNAs and its interactions to different levels and diseases.  The GEO2R was also used to perform the analysis from the microarray with differential expression with identification number GSE112743.  12 miRNAs were obtained with reduced expression (hsa-miR-4653-3p, hsa-miR-4497, hsa-miR-4430, hsa-miR-4695-5p, hsa-miR-1973, hsa-miR-4485, hsa-miR-494, hsa-miR-1233-1-5p, hsa-miR-4656, hsa-miR-3648, hsa-miR-663a, hsa-miR-181b-5p) that regulate 3437 genes and 19 over expressed (hsa-miR-30e-5p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-1285-3p, hsa-miR-185-5p, hsa-miR-15a-5p, hsa-miR-429, hsa-miR-29a-3p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-193b-3p, hsa-miR-26b-5p, hsa-miR-29b-3p, hsa-miR-210, hsa-miR-148a-3p, hsa-miR-1260a, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-1260b, hsa-miR-203a, hsa-miR-223-3p, hsa-miR-451a) that regulate 3913 genes. The cellular pathways and processes involved in the gene regulation bythese miRNAs were evaluated. Bioinformatics tools have experienced great progress in recent years in different disciplines.  It has been work with the objective of integrating different resources found in the databases to better understand their regulatory mechanisms.  In the present evaluation, a total of 7,350 genes related to pathways related to cancer and p53, cell cycle, cytoskeleton regulation, focal adhesion, apoptosis, protein processing, among others, were found, suggesting that miRNAs participate in the biogenesis of CaCU .